依新修正規定，現存民國九十一年七月以前募建及私建後變更登記為募建的非法寺院納骨設施，全部可以繼續使用，有損壞的只能原地修建，不得再增加高度、擴大面積或拆除重建。「殯葬管理條例」立法明訂，自公布施行前設立五年以上的寺院、宮廟、教會附設公墓與骨灰骸存放設施及火化設施，應於二年內符合本條例規定，但二年緩衝期早於九十三年七月十九日屆滿，至今多數仍未符合規定。
醫院不得拒絕家屬領屍、停屍
全國醫院則在民國一○五年年底之後，一律不得再設殮、殯、奠、祭設施，讓醫院回歸醫治病人的本質。
長久以來，部分大型醫院附設殮、殯、奠、祭設施並委外經營，但依「醫療法」規定，醫院應以傷病診療為主，因此這次修法明訂醫院不得再附設這些設施，並明訂落日條款，本法修正施行前，已經核准的設施，只能再繼續使用五年，且不得擴大規模，醫院裏不能再設靈堂辦告別式。
同時，考量醫院曾經發生業者「搶屍」（搶生意），本條例明訂醫院不得拒絕死亡者家屬或其委託的殯葬禮儀服務業領回屍體，也不得拒絕使用供助念、悲傷撫慰之用的屍體暫時停放空間。內政部強調，醫院未來還是可以有助念室。